원래 정치글은 철저히 금지되어 있었으나 언젠가부터 정치글이 허용되어 정치색이 묻어나고 있다. 물론 공지글엔 정치글 금지 공지가 있긴 하지만, 정치글을 잡을 인력이 부족해서 선을 넘은 일부 글만 지우고 어쩔 수 없이 방치하는 것이라고 보면 되며, 해당 사이트에서 정치 관련 글만이 아니라 외국인 혐오/분쟁/남녀갈등물이 유머게시판에 잊을 만하면 올라오는 중이지만 그조차 잡지 못하는 수준으로 단속 능력이 소실되었다. 현재는 하도 댓글로들 싸워대서
과거에 업로드된 만화를 삭제하고 다시 업로드하는 경우도 있는데, 보통 불법번역본을 정발본으로 대체하는 경우다. 소속 역식자를 통해 자체 번역하던 작품도 정발본 스캔이 올라오면 정발본 버전으로 대체하고, 정발이 이어지지 않으면 그대로 자체 번역까지 포기하는 경우도 잦다.
여기서 업로더들이 반발하는 이유가 가관인 것이 평소에 뉴토끼에서 스캔본이나 텍본에 자기 블로그나 닉네임 같은걸 써놔서 저작권 신고를 당하는 것을 우려하는 중인데, 이걸 써놓은건 박사장이 아니라 자기 자신들이다.
현재 뉴토끼, 마나토끼, 북토끼 모두 합쳐서 자료량 계산시, 사실상 한국에서 가장 많은 자료량이라 판단하여도 과언이 아니다.
엔하위키-마루마루 시절에도 마찬가지였고, 아예 마나토끼 로고가 그대로 보이는 캡쳐본이 버젓이 업로드되고 있다. 처음 보는 사람은 아예 박사장판이 정발판인줄 알 지경이다.
한국경제 등의 보도에서는 밤토끼의 모방 사이트로 보고 있다. 관련 기사 이는 사실이며, 엄밀히 말하면 밤토끼와 마나토끼를 합쳐서 계승한 사이트라고 보면 된다.
관리를 전혀 안할것같이 보이지만 아주 가끔 블라인드 처리 등으로 관리하는 경우가 있긴 있다. 블라인드 대상 중 하나는 숫자놀이.
딱히 완결이나 연재중단 된 것이 아니라도 '한달 전'이 찍히기 때문에 작품명의 일부나 전부를 기억하고 일부러 검색하지 않으면 찾을 수 없는 경우가 많아졌다.
정발 번역보다 불법 번역본의 번역을 더 선호하거나 컬러 페이지 혹은 잡지 표지 이미지의 유실, 또는 정발 과정에서 수위 높은 장면이 검열되는 등의 이유로 불법 번역본을 더 선호한다면 다른 사이트에서 찾아봐야 한다.
표시가 된 사이트는 명목상 성인 업종이 주가 아니나 사실상 성인물 판매 사이트인 경우
게다가 회원정보 관리도 엉망이다. 가입된 회원의 아이디나 비번, 이메일이 없는 아이디나 비번, 이메일이라고 뜨거나 거기에 정작 뉴토끼 시즌2 재가입을 하려고 하면 있는 아이디나 이메일이라고 뜨는 일이 허다하게 발생한다.
로그인 시스템이 생기기 전 마나토끼의 단행본 표지에댓글을 달 수 있었지만 로그인 시스템이 생기고 기능이 삭제되었다.
예전부터 조회수 때문에 스포한다고 욕먹어왔지만 변하지 않았다. 운영자와 함께 업로더나 편집 쪽도 같은 일당인게 확실시되는 상황.
마나모아에서 넘어온 이후 마나모아의 만화는 뉴토끼 시즌2 마나토끼가 돼서 뉴토끼 산하로 들어가고, 마나모아의 자유게시판을 즐기던 유저들은 박사장의 횡포가 싫어서 커즐로 이동하며 서로 갈라졌다.
예전부터 불법 일본 만화 번역물들이 유포되는 걸 "우리나라 만화도 아닌데 왜 보면 안됨?"라고 반응하는 경우가 뉴토끼 시즌2 많았고 마루마루-마나모아 또한 사이트 배너 등으로 한국 만화를 업로드하지 않는다는 점을 강조했었는데, 마나토끼가 뉴토끼의 산하 뉴토끼 시즌2 조직 같은 개념으로 들어가서 더이상 그런 변명은 쓸 수 없게 되었다. 애초에 둘이 계정도 통용된다.
뉴토끼엔 네이버, 카카오, 레진코믹스 등 웹툰에, 마나토끼엔 유명한 뉴토끼 웹툰 만화+픽시브 등 사이트의 만화들도 갖고오며, 북토끼는 노벨피아, 카카오 등 한국에선 가장 많은 자료들을 불법유포중이다.